result
|-- 00.CleanData【若00.CleanData为压缩包，解压后链接生效】【质控后可用于后续分析的有效数据】
| |-- data_table.xls【数据预处理统计及质控信息表】
| |-- Sample_Name【每个样品的质控结果】
| | |-- *.effective.fastq.gz【去除嵌合体之后的fastq序列】
| | |-- *.fna.gz【去除嵌合体之后的fasta序列】
|-- 01.RawData【若01.RawData为压缩包，解压后链接生效】【原始下机数据和原始拼接后数据】
| |-- Sample_Name【每个样品对应的原始下机数据和原始拼接后数据】
| | |-- *.extendedFrags.fastq【原始下机的 reads 拼接后的序列】
| | |-- *_1.fastq.gz【reads1 去除 baraode 和 primer 后得到的序列】
| | |-- *_2.fastq.gz【reads2 去除 barcode 和 primer 后得到的序列】
| | |-- *.raw_1.fastq.gz【reads1 未去除 baraode 和 primer 的原始序列】
| | |-- *.raw_2.fastq.gz【reads2 未去除 baraode 和 primer 的原始序列】
| |-- data_table.xls【数据预处理统计及质控信息表】
|-- 02.FeatureAnalysis【特征序列和特征表】
| |-- aligned-rep-seqs.qza【多序列比对结果】
| |-- denoisingTable_qza【去噪丰度qza导出文件】
| |-- denoisingTable.qza【去噪丰度qza文件】
| |-- denoisingTable_qzv【去噪丰度qzv导出文件】
| |-- denoisingTable.qzv【去噪丰度qzv文件】
| |-- feature.fasta【代表序列】
| |-- featureSeqs_qza【代表序列qza导出文件】
| |-- ffeatureSeqs.qza【代表序列qza文件】
| |-- featureSeqs_qzv【代表序列qzv导出文件】
| |-- featureSeqs.qzv【代表序列qzv文件】
| |-- featureTable_qza【特征表丰度qza导出文件】
| |-- featureTable.qza【特征表丰度qza文件】
| |-- featureTable_qzv【特征表丰度qzv导出文件】
| |-- featureTable.qzv【特征表丰度qzv文件】
| |-- feature.tax_assignments.txt【物种注释结果】
| |-- masked-aligned-rep-seqs.qza【过滤去除高变区后的多序列比对结果】
| |-- rooted-tree_qza【有根树qza导出文件】
| |-- rooted-tree.qza【有根树qza文件】
| |-- unrooted-tree_qza【无根树qza导出文件】
| |-- unrooted-tree.qza【无根树qza文件】
| |-- seq_taxonomy_qza【物种注释qza导出文件】
| |-- seq_taxonomy.qza【物种注释qza文件】
| |-- seq_taxonomy_qzv【物种注释qzv导出文件】
| |-- seq_taxonomy.qzv【物种注释qzv文件】
| |-- tables【特征表】
| | |-- sample/group1/...【样本及分组的特征表】
| | | |-- featureTable_Absolute【各（样本,组）绝对丰度特征表】
| | | | |-- featureTable.*.*.absolute.txt【各（样本,组）总界门纲目科属种（total,k,p,c,o,f,g,s）水平上的绝对丰度】
| | | |-- featureTable_Relative【各（样本,组）相对丰度特征表】
| | | | |-- featureTable.*.*.relative.xls【各（样本,组）总界门纲目科属种（total,k,p,c,o,f,g,s）水平上的相对丰度】
| | | |-- featureTable_Even【各（样本,组）均一化处理后的绝对丰度特征表（均一化处理使每个样品的各个 OTU/ASV 丰度之和相等）】
| | | | |-- featureTable.*.total.even.txt【各（样本,组）均一化处理后的绝对丰度】
| | | | |-- featureTable.*.*.absolute.xls【各（样本,组）界门纲目科属种（k,p,c,o,f,g,s）水平上均一化处理后的绝对丰度】
| | | |-- featureTable_Biom【各（样本,组）biom文件】
| | | | |-- featureTable.*.total.absolute.txt.biom【各（样本,组）的绝对丰度 biom表】
| | | | |-- featureTable.*.total.even.txt.biom【各（样本,组）均一化处理后的绝对丰度 biom表】
| | | | |-- featureTable.*.total.relative.txt.biom【各（样本,组）的相对丰度 biom表】
| | | |-- featureTable_tableStat【各（样本,组）注释结果统计】
| | | | |-- featureTable.briefStatInfo.txt【各（样本,组）简版注释统计结果】
| | | | |-- featureTable.relativeStat.*.xls【各（样本,组）各层级注释数量统计】
| | | | |-- classifiedStat.sample.absolute.{xls,svg,png}【各（样本,组）各层级注释统计结果及可视化展示】
| | | | |-- featureTable.*.Tags_stat.xls【各（样本,组）Tags统计结果】
| | | | |-- featureTable.*.TagsDistribution.{svg,,png}}【各（样本,组）Tags统计结果可视化展示】
|-- 03.TaxonVisual【注释结果可视化】
| |-- barplot
【物种相对丰度柱形图展示】
| | |-- sample/group1/...【样本及分组的物种相对丰度柱形图】
| | | |-- top10.*.*.barplot.{xls,png,svg}【各（样本,组）门纲目科属种（p,c,o,f,g,s）水平上的 top10 物种相对丰度柱形图】
| | | |-- top30.*.g.barplot.{xls,png,svg}【各（样本,组）属(g)水平的top30物种相对丰度柱形图】
| |-- heatmap
【物种注释聚类热图】
| | |-- sample/group1/...【样本及分组的物种注释聚类热图】
| | | |-- heatmap.*.*.{pdf,png,txt}【各（样本,组）门纲目科属种（p,c,o,f,g,s）水平上的物种聚类热图】
| |-- tree100【属水平top100物种进化树圈图】
| | |-- sample/group1/...【样本及分组的属水平top100物种进化树圈图】
| | | |-- genus_100.tree【属水平top100物种进化树】
| | | |-- genus_100.tree.{png,svg}【属水平top100物种进化树圈图】
| |-- venn
【基于 OTU/ASV 的Venn图】
| | |-- sample/group1/...【样本及分组基于 OTU/ASV 的Venn图】
| | | |-- *【进行venn图分析的（样本,组）名字，以-连接，例A-B】
| | | | |-- *_*.txt【（样本,组） 特有的OTU/ASV,例 A-B_A.txt(A特有)】
| | | | |-- *_*:*.txt【（样本,组） 共有的OTU/ASV,例 A-B_A：B.txt(A,B共有)】
| | | | |-- *.{png,svg}【（样本,组）Venn图展示】
| |-- flower
【基于 OTU/ASV 的花瓣图】
| | |-- sample/group1/...【样本及分组基于 OTU/ASV 的花瓣图】
| | | |-- *【进行花瓣图分析的（样本,组）名字，以-连接，例A-B-C-D-E-F】
| | | | |-- *_all-core.xls【（样本,组） 共有的OTU/ASV,例 A-B-C-D-E-F_all-core.xls(共有OTU/ASV)】
| | | | |-- *_*.xls【每个（样本,组） 特有的OTU/ASV,例 A-B-C-D-E-F_A.xls(A特有)】
| | | | |-- *.{xls,png,svg}【（样本,组）花瓣图作图数据及可视化展示】
| |-- ternary【三元相图分析结果】
| | |-- sample/group1/...【样本及分组三元相图分析结果】
| | | |-- */*.ternary.{jpeg,pdf}【各（样本,组）门纲目科属种（p,c,o,f,g,s）水平上的三元相图可视化展示】
|-- 04.AlphaDiversity【alpha 多样性分析结果】
| |-- alpha_index_table【alpha 多样性指数】
| | |-- sample/group1/...【样本及组 alpha 多样性指数】
| | | |-- alpha_diversity_index.{sample,group}.txt【 alpha 多样性指数】
| |-- visual_specaccum【物种累积曲线】
| | |-- sample【样本的物种累积曲线】
| | | |-- specaccum_test.{pdf,png}【（样本,组）物种累积曲线图】
| |-- visual_rankAbundance【Rank Abundance 曲线】
| | |-- sample/group1/...【样本及组 Rank Abundance 曲线】
| | | |-- rank_abundance.{sample,group}.{pdf,png}【 Rank Abundance 曲线展示】
| |-- visual_rarefaction【稀疏性曲线】
| | |-- sample/group1/...【样本及组 稀疏性曲线】
| | | |-- */*.{sample,group}.{pdf,png,xls}【(chao1,goods_coverage,observed_species,PD_whole_tree,shannon,simpson)稀疏性曲线展示】
| |-- visual_alphaDiversity【alpha 多样性组间比较箱型图】
| | |-- group1/...【组间比较箱型图】
| | | |-- *【组间 (ACE,chao1,goods_coverage,observed_species,PD_whole_tree,shannon,simpson) 比较箱型图】
| | | | |-- *.{pdf,png}【指数箱型图】
| | | | |-- *_kruskalWallis.{txt,pdf,png}【多组间非参数 kruskalWallis 检验及可视化（组内样本>2,组>2）】
| | | | |-- *_Tukey.{txt,pdf,png}【多组间方差 Tukey 分析及可视化（组内样本>2,组>2）】
| | | | |-- *_test.{txt,pdf,png}【组间 T-test 检验及可视化（组内样本>2,组=2）】
| | | | |-- *_wilcox.{txt,pdf,png}【组间 wilcox秩和检验及可视化（组内样本>2,组=2）】
|-- 05.BetaDiversity【Beta 多样性分析结果】
| |-- beta_distance【Beta 距离分析结果】
| | |-- sample/group1/...【样本及组 Beta 距离分析结果】
| | | |-- *_distance_matrix_qza【(bray_curtis,jaccard,(un)weighted_unifrac) 距离qza导出文件】
| | | |-- *_distance_matrix.qza【(bray_curtis,jaccard,(un)weighted_unifrac) 距离qza文件】
| | | |-- *_pcoa_results_qza【(bray_curtis,jaccard,(un)weighted_unifrac) PCoA 分析qza导出文件】
| | | |-- *_pcoa_results.qza【(bray_curtis,jaccard,(un)weighted_unifrac) PCoA 分析qza文件】
| |-- beta_upgma【Beta UPGMA 分析结果】
| | |-- sample/group1/...【样本及组 Beta UPGMA 分析结果】
| | | |-- (un)weighted_unifrac【基于(非)加权 unifrac 距离 Beta UPGMA 分析结果】
| | | | |-- (un)weighted_unifrac.{sample,group}_upgma.tre【基于(非)加权 unifrac 距离的 UPGMA 聚类树文件，MEGA 软件可以打开】
| | | | |-- (un)weighted_unifrac.{sample,group}.{pdf,png}【基于(非)加权 unifrac 距离的 UPGMA 聚类树图】
| | | | |-- upgam.(un)weighted_unifrac.{sample,group}.tree.{svg,png}【基于(非)加权 unifrac 距离的 UPGMA 聚类树合并图】
| |-- beta_pca
【Beta PCA 分析结果】
| | |-- sample/group1/...【样本及组 Beta PCA 分析结果】
| | | |-- PCA.{xls,pdf,png}【 PCA 作图数据及未标样品名称的 PCA 图】
| | | |-- PCA_lable.{pdf,png}【标有样品名称的 PCA 图】
| | | |-- PCA_circle.{pdf,png}【未标样本名带有置信椭圆的 PCA 图】
| | | |-- PCA_circleLable.{pdf,png}【标有样本名带有置信椭圆的 PCA 图】
| |-- beta_pcoa【Beta PCoA 分析结果】
| | |-- sample/group1/...【样本及组 Beta PCoA 分析结果】
| | | |-- PCoA_display.{pdf,png}【 基于(非)加权 unifrac 距离的 PCoA 合并展示图】
| | | |-- *【 基于（(un)weighted_unifrac,binary_jaccard,bray_curtis）PCoA 分析结果】
| | | | |-- PCoA.{xls,pdf,png}【 PCoA 作图数据及未标样品名称的 PCoA 图】
| | | | |-- PCoA_label.{pdf,png}【标有样品名称的 PCoA 图】
| | | | |-- PCoA_circle.{pdf,png}【未标样本名带有置信椭圆的 PCoA 图】
| | | | |-- PCoA_circleLabel.{pdf,png}【标有样本名带有置信椭圆的 PCoA 图】
| | | | |-- emperor_pcoa_plots【三维 PCoA 网页版展示】
| |-- beta_nmds【Beta NMDS 分析结果】
| | |-- sample/group1/...【样本及组 Beta NMDS 分析结果】
| | | |-- NMDS_display.{pdf,png}【 基于(非)加权 unifrac 距离的 NMDS 合并展示图】
| | | |-- *【 基于（(un)weighted_unifrac,binary_jaccard,bray_curtis）NMDS 分析结果】
| | | | |-- *.NMDS.{xls,pdf,png}【 NMDS 作图数据及未标样品名称的 NMDS 图】
| | | | |-- *.NMDS_lable.{pdf,png}【标有样品名称的 NMDS 图】
| | | | |-- *.NMDS_circle.{pdf,png}【未标样本名带有置信椭圆的 NMDS 图】
| | | | |-- *.NMDS_circleLable.{pdf,png}【标有样本名带有置信椭圆的 NMDS 图】
| |-- beta_dca【Beta DCA 分析结果】
| | |-- sample/group1/...【样本及组 Beta DCA 分析结果】
| | | |-- DCA.{xls,pdf,png}【 DCA 作图数据及 DCA 图】
| |-- beat_unifracHeatmap【Beta unifrac 距离热图】
| | |-- sample/group1/...【样本及组 Beta unifrac 距离热图】
| | | |-- beta_diversity.heatmap.{svg,png}【包含(un)Weighted 两种距离的热图】
| | | |-- beta_diversity.heatmap.(un)Weighted.{svg,png}【(非)加权 unifrac 距离热图】
| |-- beta_div【组间 Beta 多样性比较箱型图】
| | |-- group1/...【组间 Beta 多样性比较箱型图】
| | | |-- (un)weighted_unifrac【基于(非)加权 unifrac 距离的组间 Beta 多样性比较箱型图】
| | | | |-- (un)weighted_unifrac.{pdf,png}【基于(非)加权 unifrac 距离的 Beta 多样性箱型图】
| | | | |-- (un)weighted_unifrac_kruskalWallis_all.txt【多组间非参数 kruskalWallis 检验（组内样本>2,组>2）】
| | | | |-- (un)weighted_unifrac_kruskalWallis.{pdf,png}【多组间非参数 kruskalWallis 检验可视化展示（组内样本>2,组>2）】
| | | | |-- (un)weighted_unifrac_TukeyHSD_all.txt【多组间方差 TukeyHSD 分析（组内样本>2,组>2）】
| | | | |-- (un)weighted_unifrac_TukeyHSD.{pdf,png}【多组间方差 TukeyHSD 分析可视化展示（组内样本>2,组>2）】
| | | | |-- (un)weighted_unifrac_tTest_all.txt【组间 T-test 检验（组内样本>2,组=2）】
| | | | |-- (un)weighted_unifrac_tTest.{pdf,png}【组间 T-test 检验可视化展示（组内样本>2,组=2）】
| | | | |-- (un)weighted_unifrac_twoWilcox_all.txt【组间 twowilcox 秩和检验（组内样本>2,组=2）】
| | | | |-- (un)weighted_unifrac_twoWilcox.{pdf,png}【组间 twowilcox 秩和检验可视化展示（组内样本>2,组=2）】
|-- 06.StatisticalTest【统计检验结果】
| |-- adonis【 Adonis 分析结果】
| | |-- group1/...【分组 Adonis 分析结果】
| | | |-- bray_adonis.txt【 Adonis 分析结果】
| |-- anosim【 Anosim 分析结果】
| | |-- group1/...【分组 Anosim 分析结果】
| | | |-- stat_anosim.txt【 Anosim 分析结果】
| |-- mrpp【 MRPP 分析结果】
| | |-- group1/...【分组 MRPP 分析结果】
| | | |-- stat_mrpp.txt【 MRPP 分析结果】
| |-- metagenomeseq【 Metagenomeseq 分析结果】
| | |-- group1/...【分组下Metagenomeseq 分析结果】
| | | |-- phylum/...【门纲目科属种（p,c,o,f,g,s）水平上的Metagenomeseq 分析结果】
| | | | |-- diffHeatmap【 top10 丰度物种的 heatmap 热图分析结果】
| | | | | |-- annotation.heatmap.{pdf,png}【具有显著性差异物种的 top10 丰度的 heatmap 热图分析结果】
| | | | |-- *-*【组间 Metagenomeseq 分析结果】
| | | | | |-- *.psig.xls【从 Metagenomeseq 分析结果中，筛选出的 pvalues<=0.05 的信息】
| | | | | |-- *.qsig.xls【从 *.psig.xls 分析结果中，筛选出的 adjPvalues<=0.05 的信息】
| | | | | |-- *.Volcano.{pdf,png}【具有显著性差异物种未标样品名称的火山图】
| | | | | |-- *.Volcano..label.{pdf,png}【具有显著性差异物种标有样品名称的火山图】
| | | | | |-- boxplot【具有显著性差异物种的箱图结果】
| | | | | | |-- *.{pdf,png}【显著性差异物种的箱图结果展示】
| |-- simper【物种对样本差异贡献度分析（simper分析）】
| | |-- group1/...【分组下物种对样本差异贡献度分析（simper分析）】
| | | |-- Rplots.pdf【种（s）水平上物种对样本差异贡献度分析合并图】
| | | |-- phylum/...【门纲目科属种（p,c,o,f,g,s）水平上物种对样本差异贡献度分析】
| | | | |-- *-*【组间 top10 物种对样本差异贡献度分析】
| | | | | |-- *-*.{xls,pdf,png}【组间 top10 物种对样本差异贡献度分析结果及可视化】
| |-- ttest
【组间差异显著的物种分析】
| | |-- group1/...【组间差异显著的物种分析】
| | | |-- phylum/...【门纲目科属种（p,c,o,f,g,s）水平上组间差异显著的物种分析】
| | | | |-- *-*【组间差异显著的物种分析】
| | | | | |-- *.psig.xls【两组之间的t-test数据结果，筛选出的 p value<=0.05 的信息】
| | | | | |-- *.qsig.xls【两组之间的t-test数据结果，筛选出的 q value<=0.05 的信息】
| | | | | |-- *.Volcano.{pdf,png}【具有显著性差异物种未标样品名称的火山图】
| | | | | |-- *.Volcano..label.{pdf,png}【具有显著性差异物种标有样品名称的火山图】
| | | | | |-- boxplot【具有显著性差异物种的箱图结果】
| | | | | | |-- *.{pdf,png}【显著性差异物种的箱图结果展示】
| |-- lefse【LEfSe 分析结果】
| | |-- group1/...【组间 LEfSe 分析结果】
| | | |-- *-*【组间 LEfSe 分析结果】
| | | | |-- LDA.*.all.res【 LEfSe 统计结果】
| | | | |-- LDA.*.draw.res【 LEfSe 作图数据】
| | | | |-- LDA.*.{svg,png}【 LDA 值分布柱状图】
| | | | |-- LDA.*.tree.{svg,png}【 LEfSe 进化分支图】
| |-- KruskalWallis【KruskalWallis 组间差异检验结果】
| | |-- group1/...【KruskalWallis 组间差异检验结果】
| | | |-- phylum/...【门纲目科属种（p,c,o,f,g,s）水平上KruskalWallis组间差异检验】
| | | | |-- *-*【指定组间 KruskalWallis 差异检验结果】
| | | | | |-- KruskalWallis_all.xls【组间所有差异显著的物种结果】
| | | | | |-- KruskalWallis_sig.xls【组间p value<0.05的差异显著的物种结果】
| | | | | |-- KruskalWallis_dunn.xls【Dunn多重检验的结果】
| | | | | |-- KruskalWallis_top*.xls【各层级下平均相对丰度排名前10的物种差异检验结果】
| | | | | |-- KruskalWallis_top_releative.xls【各层级下平均相对丰度排名前10的物种丰度表】
| | | | | |-- kw_barplot.{pdf,png}【KruskalWallis检验的平均丰度柱状图结果】
| | | | | |-- kw_boxplot.{pdf,png}【KruskalWallis检验的平均丰度箱形图结果】
| |-- Wilcoxon【Wilcoxon 组间差异检验结果】
| | |-- group1/...【Wilcoxon 组间差异检验结果】
| | | |-- phylum/...【门纲目科属种（p,c,o,f,g,s）水平上Wilcoxon组间差异检验】
| | | | |-- *-*【指定组间 Wilcoxon 差异检验结果】
| | | | | |-- Wilcoxon_all.xls【组间所有差异显著的物种结果】
| | | | | |-- Wilcoxon_sig.xls【组间p value<0.05的差异显著的物种结果】
| | | | | |-- Wilcoxon_top*.xls【各层级下平均相对丰度排名前10的物种差异检验结果】
| | | | | |-- Wilcoxon_top_releative.xls【各层级下平均相对丰度排名前10的物种丰度表】
| | | | | |-- wilcoxon_barplot.{pdf,png}【Wilcoxon检验的平均丰度柱状图结果】
| | | | | |-- wilcoxon_boxplot.{pdf,png}【Wilcoxon检验的平均丰度箱形图结果】
| |-- randomForest【随机森林结果】
| | |-- group1/...【组间随机森林结果】
| | | |-- class/...【纲目科属种（c,o,f,g,s）水平上随机森林结果】
| | | | |-- trainset_group_max_roc.{pdf,png}【各变量训练集最大AUC值,绘制ROC曲线组合图】
| | | | |-- *-*【组间随机森林结果】
| | | | | |-- imptop10MD.{pdf,png}【 top10 变量平均精度下降图形展示】
| | | | | |-- imptop10MG.{pdf,png}【 top10 变量平均 Gini 指数下降图形展示】
| | | | | |-- testset_auc.{pdf,png}【各重要变量测试集 ROC 曲线组合图形展示】
| | | | | |-- testset.point_auc.{pdf,png}【各重要变量测试集 AUC 点图图形展示】
| | | | | |-- trainset_auc.{pdf,png}【各重要变量训练集 ROC 曲线组合图形展示】
| | | | | |-- trainset.point_auc.{pdf,png}【各重要变量训练集 AUC 点图图形展示】
| | | | | |-- 3/5/...【选取 num（3，5，10，50，70，100，150，200）个最重要变量的数目构建随机森林模型】
| | | | | | |-- cross_validation_pick_*.im.var.txt【通过交叉验证得到的重要变量特征】
| | | | | | |-- cverrof.{pdf,png}【变量筛选数目与错误率图形展示】
| | | | | | |-- impplot_MeanDecreaseAccuracy*.{pdf,png}【平均精度下降图形展示】
| | | | | | |-- impplot_MeanDecreaseGin*.{pdf,png}【平均 Gini 指数下降图形展示】
| | | | | | |-- testset.probabilty.xls【随机森林模型对测试集样本的预测概率】
| | | | | | |-- testset.ROC.{pdf,png}【测试集 ROC 曲线图形展示】
| | | | | | |-- testset.roc.xls【测试集 AUC 值 1 代表平均值 2 代表最小最 3 代表最大值】
| | | | | | |-- top_*testset.var_predict_box_plot.{pdf,png}【构建随机森林模型时,测试集预测的准确率图形展示】
| | | | | | |-- top_*trainset.var_predict_box_plot.{pdf,png}【构建随机森林模型时,训练集预测的准确率图形展示】
| | | | | | |-- top_*var_imp.xls【选取的n个重要变量分别对样本的贡献度及对模型构建的影响程度】
| | | | | | |-- trainset.probabilty.xls【随机森林模型对训练集样本的预测概率】
| | | | | | |-- trainset.ROC.{pdf,png}【训练集 ROC 曲线图形展示】
| | | | | | |-- trainset.roc.xls【训练集 AUC 值 1 代表平均值 2 代表最小最 3 代表最大值】
|-- 07.CorrelationAnalysis【关联分析】
| |-- network【 network 分析结果】
| | |-- group1/...【组间 network 分析结果】
| | | |-- */dot/genus.{png,svg}【network结果图形展示】
| | | |-- */dot/genus.spearman.index.list【network 网页图绘制边文件】
| | | |-- */dot/node.xls【network 网页图绘制节点文件】
| | | |-- */dot/igraph.calculate.txt【network图中的关键参数展示，如网络图直径（ND），平均连接度（AD）等】
| | |-- sample/...【样本间 network 分析结果】
| | | |-- dot/genus.{png,svg}【network结果图形展示】
| | | |-- dot/genus.spearman.index.list【network 网页图绘制边文件】
| | | |-- dot/node.xls【network 网页图绘制节点文件】
| | | |-- dot/igraph.calculate.txt【network图中的关键参数展示，如网络图直径（ND），平均连接度（AD）等】
| |-- network3D【 network3D 分析结果】
| | |-- group1/...【组间 network 分析结果】
| | | |-- */cytoplot.csv【network3D 本地化Cytoscape绘制网络图数据】
| | | |-- */edge.xls【network3D 网页图绘制边文件】
| | | |-- */node.xls【network3D 网页图绘制节点文件】
| | | |-- netfig【 network3D 网页展示文件】
| | |-- sample/...【样本间 network 分析结果】
| | | |-- cytoplot.csv【network3D 本地化Cytoscape绘制网络图数据】
| | | |-- edge.xls【network3D 网页图绘制边文件】
| | | |-- node.xls【network3D 网页图绘制节点文件】
| | | |-- netfig【 network3D 网页展示文件】
|-- 08.FunctionPrediction【功能预测结果】
| |-- picrust2【 picrust2 预测结果】
| | |-- predicted【 picrust2（COG,EC,KO,PFAM,TIGRFAM,pathway）数据库预测结果】
| | | |-- *_metagenome_descrip.tsv【（COG,EC,KO,PFAM,TIGRFAM,pathway）数据库预测结果】
| | | |-- *_seqtab_norm.tsv.gz【基于预测 16S 拷贝数校正的特征表, pathways_out 无此结果】
| | | |-- *_weighted_nsti.tsv.gz【每个样本的 NSTI 权重, pathways_out 无此结果】
| | |-- tables【预测结果的相对（绝对）丰度】
| | | |-- sample/group1/...【样本及分组 预测结果的相对（绝对）丰度】
| | | | |-- picrust2.{sample,group}.*.absolute.xls【(样本,分组)各数据库预测结果的绝对丰度】
| | | | |-- picrust2.{sample,group}.*.relative.xls【(样本,分组)各数据库预测结果的相对丰度】
| | |-- barplot【功能相对丰度柱形图，展示同物种barplot】
| | |-- heatmap【功能注释聚类热图，展示同物种heatmap】
| | |-- venn【基于功能的venn结果，展示同物种venn】
| | |-- flower【基于功能的花瓣图，展示同物种flower】
| | |-- pca【各功能 PCA 分析结果，展示同beta_pca】
| | |-- ttest【组间差异显著的功能分析各，展示同物种ttest】
| |-- picrust【 picrust 预测结果】
| | |-- predicted【 KEGG 预测结果】
| | | |-- KEGG_metagenome_predictions.{biom,txt}【 KEGG 预测结果】
| | | |-- predicted_metagenomes.KEGG_L*.txt【 KEGG（1,2,3）层级预测结果】
| | |-- tables【预测结果的相对（绝对）丰度】
| | | |-- sample/group1/...【样本及分组 预测结果的相对（绝对）丰度】
| | | | |-- picrust.{sample,group}.*.absolute.xls【(样本,分组)（1,2,3,k）层级预测结果的绝对丰度】
| | | | |-- picrust.{sample,group}.*.relative.xls【(样本,分组)（1,2,3,k）层级预测结果的相对丰度】
| | |-- barplot【功能相对丰度柱形图，展示同物种barplot】
| | |-- heatmap【功能注释聚类热图，展示同物种heatmap】
| | |-- venn【基于功能的venn结果，展示同物种venn】
| | |-- flower【基于功能的花瓣图，展示同物种flower】
| | |-- pca【各功能 PCA 分析结果，展示同beta_pca】
| | |-- ttest【组间差异显著的功能分析各，展示同物种ttest】
| |-- tax4fun【 tax4fun 预测结果】
| | |-- predicted【 KEGG 预测结果】
| | | |-- KEGG_metagenome_predictions.txt【 KEGG 预测结果】
| | | |-- predicted_metagenomes.KEGG_L*.txt【 KEGG（1,2,3）层级预测结果】
| | |-- tables【预测结果的相对（绝对）丰度】
| | | |-- sample/group1/...【样本及分组 预测结果的相对（绝对）丰度】
| | | | |-- tax4fun.{sample,group}.*.absolute.xls【(样本,分组)（1,2,3,k）层级预测结果的绝对丰度】
| | | | |-- tax4fun.{sample,group}.*.relative.xls【(样本,分组)（1,2,3,k）层级预测结果的相对丰度】
| | |-- barplot【功能相对丰度柱形图，展示同物种barplot】
| | |-- heatmap【功能注释聚类热图，展示同物种heatmap】
| | |-- venn【基于功能的venn结果，展示同物种venn】
| | |-- flower【基于功能的花瓣图，展示同物种flower】
| | |-- pca【各功能 PCA 分析结果，展示同beta_pca】
| | |-- ttest【组间差异显著的功能分析各，展示同物种ttest】
| |-- bugbase【 bugbase 预测结果】
| | | |-- normalized_otus【标准化 OTU 表】
| | | |-- otu_contributions【表型预测结果堆叠柱形图】
| | | | |-- *.{pdf,png}【表型预测结果堆叠柱形图】
| | | | |-- contributing_otus.txt【表型预测结果表】
| | | | |-- otu_table.relative.xls【表型预测结果相对丰度表】
| | | |-- predicted_phenotypes【表型预测结果比较箱线图】
| | | | |-- *.{pdf,png}【表型预测结果比较箱线图】
| | | | |-- *_stats.txt【表型预测结果箱型图绘制参数，如平均数，中位数，标准差】
| | | | |-- predictions.{txt,xls}【样本表型丰度表】
| | | |-- thresholds【阈值选择表】
| | | | |-- variances.txt【不同阈值下的结果】
| | | | |-- thresholds_used.txt【表型预测分析使用的阈值】
| | | | |-- *.{pdf,png}【9表型在不同阈值下相对丰度变化】
| |-- funguild【 funguild 预测结果】
| | |-- predicted【 funguild 预测结果】
| | | |-- funguild.sample.total.absolute.xls【 funguild 预测结果】
| | | |-- funguild.sample.total.absolute.{guild, mode}【 funguild（guild,mode）预测结果】
| | |-- tables【预测结果的相对（绝对）丰度】
| | | |-- sample/group1/...【样本及分组 预测结果的相对（绝对）丰度】
| | | | |-- funguild.{sample,group}.*.absolute.xls【(样本,分组)（total,guild,mode）预测结果的绝对丰度】
| | | | |-- funguild.{sample,group}.*.relative.xls【(样本,分组)（total,guild,mode）预测结果的相对丰度】
| | |-- barplot【功能相对丰度柱形图，展示同物种barplot】
| | |-- heatmap【功能注释聚类热图，展示同物种heatmap】
| | |-- venn【基于功能的venn结果，展示同物种venn】
| | |-- flower【基于功能的花瓣图，展示同物种flower】
| | |-- pca【各功能 PCA 分析结果，展示同beta_pca】
| | |-- ttest【组间差异显著的功能分析各，展示同物种ttest】
| |-- faprotax【 faprotax 预测结果】
| | |-- predicted【 funguild 预测结果】
| | | |-- faprotax.report.txt【 faprotax 预测结果】
| | | |-- faprotax.sample.anno.absolute.xls【 faprotax 预测结果绝对丰度】
| | |-- tables【预测结果的相对（绝对）丰度】
| | | |-- sample/group1/...【样本及分组 预测结果的相对（绝对）丰度】
| | | | |-- faprotax.{sample,group}.anno.absolute.xls【(样本,分组)预测结果的绝对丰度】
| | | | |-- faprotax.{sample,group}.anno.relative.xls【(样本,分组)预测结果的相对丰度】
| | |-- barplot【功能相对丰度柱形图，展示同物种barplot】
| | |-- heatmap【功能注释聚类热图，展示同物种heatmap】
| | |-- venn【基于功能的venn结果，展示同物种venn】
| | |-- flower【基于功能的花瓣图，展示同物种flower】
| | |-- pca【各功能 PCA 分析结果，展示同beta_pca】
| | |-- ttest【组间差异显著的功能分析各，展示同物种ttest】
|-- 09.EnvironmentFactor【环境因子分析】
| |--CCA【CCA 分析结果】
| | |--CCA_standard【包含所有环境因子的CCA和RDA】
| | |--CCA_FitENV【经envfit筛选后环境因子的CCA和RDA】
| | |--CCA_VIF【经VIF筛选后环境因子的CCA和RDA】
| | |--CCA_BioENV【经BioENV筛选后环境因子的CCA和RDA】
| | |--BioENV.txt【经Bioenv筛选后得到的环境因子组合】
| | |--VIF.txt【经VIF筛选后得到的环境因子组合】
| | |--selected_FitENV.list【经FitENV筛选后得到的环境因子组合】
| |--mantelTest【门纲目科属种以及otu（p,c,o,f,g,s,otu）水平上的mantel_test 分析结果】
| |--spearman【门纲目科属种和otu以及alpha（p,c,o,f,g,s,otu,alpha）水平上的 spearman 分析结果,属水平目录下含有环境因子与丰度的玫瑰图展示】
| |--vpa【VPA 分析结果】
| | |--VPA1.{png,svg}【VPA分组环境因子解释率图】
|-- 10.CommAssembly【群落组装分析】
| |-- bNTI【βNTI 分析】
| | |-- group1/...【分组 βNTI 分析结果】
| | | |-- bNTI.summary.xls【βNTI 分组计算结果的统计数据】
| | | |-- bNTI.xls【βNTI 所有样本对计算结果】
| | | |-- bNTI.boxplot.{pdf,png}【βNTI 分析结果箱型图可视化】
| |-- nst【NST 分析】
| | |-- group1/...【分组 taxonomic NST 分析结果】
| | | |-- tNST.summary.xls【tNST 分析结果统计数据】
| | | |-- tNST.pairwise.xls【tNST 所有样本对计算结果】
| | | |-- tNST.boxplot.{pdf,png}【tNST 分析结果箱型图可视化】
| | | |-- tNST.PERMANOVA.xls【tNST 分析PERMANOVA检验】
| | | |-- tNST.boot.summary.xls【tNST 的 bootstrapping 自助重采样结果统计数据】
| | | |-- tNST.boot.compare.xls【tNST 的 bootstrapping 自助重采样结果统计数据】
| | | |-- tNST.boots.{pdf,png}【tNST 的 bootstrapping 自助重采样结果小提琴散点图可视化】
| | | |-- tNST.concatenate.{pdf,png}【tNST 箱型图和小提琴散点图的结合可视化】
| | | |-- pNST.summary.xls【pNST 分析结果统计数据】
| | | |-- pNST.pairwise.xls【pNST 所有样本对计算结果】
| | | |-- pNST.boxplot.{pdf,png}【pNST 分析结果箱型图可视化】
| | | |-- pNST.PERMANOVA.xls【pNST 分析PERMANOVA检验】
| | | |-- pNST.boot.summary.xls【pNST 的 bootstrapping 自助重采样结果统计数据】
| | | |-- pNST.boot.compare.xls【pNST 的 bootstrapping 自助重采样结果统计数据】
| | | |-- pNST.boots.{pdf,png}【pNST 的 bootstrapping 自助重采样结果小提琴散点图可视化】
| | | |-- pNST.concatenate.{pdf,png}【pNST 箱型图和小提琴散点图的结合可视化】
| |-- icamp【iCAMP 分析】
| | |-- group1/...【分组 iCAMP 分析结果】
| | | |-- icamp.ProcessImportance_EachGroup.csv【iCAMP 分析的各分组组装机制重要性结果】
| | | |-- icamp.ProcessImportance_EachTurnover.csv【iCAMP 分析的各分组所有样本对组装机制重要性结果】
| | | |-- icamp.circle_{group}_Group.{pdf,png}【iCAMP 分析各组重要性数据圈图可视化】
| | | |-- icamp.barEachGroup.{pdf,png}【iCAMP 分析所有分组重要性数据柱状图可视化】

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